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| Name | Länge | Länge im Land | Region | Mündung | Einzugsgebiet | Abfluss |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Ahja / Aya | 95 km | Emajõgi | 1'073 km² | |||
| Elva | 72 km | Emajõgi | 456 km² | |||
| Emajõgi / Embach | 101 km | Peipussee | 9'960 km² | 71 m³/s | ||
| Halliste / Hallist | 86 km | Navesti | 1'900 km² | |||
| Jägala | 97 km | Finnischer Meerbusen | 1'570 km² | |||
| Kasari | 112 km | Ostsee | 3'210 km² | 26 m³/s | ||
| Keila | 107 km | Finnischer Meerbusen | 682 km² | 6.4 m³/s | ||
| Kunda | 69 km | Finnischer Meerbusen | ||||
| Mustjõgi | 84 km | Gauja | 1'820 km² | |||
| Narva / Narwa | 77 km | Finnischer Meerbusen | 56'200 km² | 415 m³/s | ||
| Navesti | 100 km | Pärnu | 3'000 km² | |||
| Õhne | 86 km | Emajõgi | 573 km² | |||
| Pärnu | 144 km | Bucht von Riga | 6'910 km² | 48 m³/s | ||
| Pededze / Peddetz | 159 km | Aiviekste | 1'690 km² | 44 m³/s | ||
| Pedja | 122 km | Emajõgi | 2'710 km² | |||
| Pirita / Brigittenbach | 105 km | Finnischer Meerbusen | 799 km² | 7.5 m³/s | ||
| Piusa | 109 km | Peipussee | 796 km² | 5.5 m³/s | ||
| Põltsamaa | 135 km | Pedja | 1'310 km² | |||
| Reiu / Reidenhofscher Bach | 73 km | Pärnu | 917 km² | |||
| Sauga | 77 km | Pärnu | 570 km² | 5.1 m³/s | ||
| Soodla | 75 km | Jägala | 236 km² | |||
| Vääna | 64 km | Finnischer Meerbusen | 316 km² | |||
| Väike-Emajõgi / Kleiner Embach | 82 km | Emajõgi | 1'380 km² | |||
| Valgejõgi | 85 km | Finnischer Meerbusen | 453 km² | |||
| Velise | 76 km | Kasari | 852 km² | |||
| Vigala / Fickelscher Bach | 95 km | Kasari | 1'520 km² | |||
| Võhandu | 162 km | Peipussee | 1'420 km² |